Цитробактер браакии

Цитробактер браакии

Type strain:

Species: Citrobacter braakii

Strain Designation: 167

Culture col. no.: DSM 17596, ATCC 51113, CCUG 30792, CDC 80-58, CIP 104554

« Browse strain by BacDive ID »

expand / minimize all

Exclude text mining derived information
Name and taxonomic classification
Morphology and physiology
Culture and growth conditions
Isolation, sampling and environmental information
Application and interaction
Molecular biology
Strain availability
  • Information on the name and the taxonomic classification. Name and taxonomic classification
  • Information on morphological and physiological properties Morphology and physiology
  • Information on culture and growth conditions Culture and growth conditions
  • Information on isolation source, the sampling and environmental conditions Isolation, sampling and environmental information
[Ref.: #7079] Sample type/isolated from snake
[Ref.: #7079] Country France
[Ref.: #7079] Country ISO 3 Code FRA
[Ref.: #7079] Continent Europe
[Ref.: #50272] Sample type/isolated from Snake
Isolation sources categories
#Host #Reptilia
  • Information on possible application of the strain and its possible interaction with e.g. potential hosts Application and interaction
  • Information on genomic background e.g. entries in nucleic sequence databass Molecular biology
Sequence information: Only first 5 entries are displayed. Click here to see all. Click here to see only first 5 entries.
Sequence database Sequence accession description Sequence accession number Sequence type Sequence length (bp) Associated NCBI tax ID
[Ref.: #20218] Marker Gene (DDBJ Direct submission) Citrobacter braakii DNA, psp gene cluster, sap gene cluster, partial sequence, strain: ATCC 51113 AB734053
  • Availability in culture collections Strain availability
[Ref.: #7079] Culture collection no. DSM 17596, ATCC 51113, CCUG 30792, CDC 80-58, CIP 104554
[Ref.: #7079] Strain history Dive ? Please tell us about it!

Note that changes will be reviewed and judged. If your changes are legitimate, changes will occur within the next Bac Dive update. Only proposed changes supported by the according reference will be reviewed. The Bac Dive team reserves the right to reject proposed changes.



Polyethylene glycol (PEG) is widely used for bowel cleaning in preparation for colonoscopy because of its safety. Septic shock after PEG preparation is an extremely rare complication. Herein, we describe a case of septic shock that occurred immediately after colonoscopy preparation with PEG.

Case presentation

A 75-year-old Japanese male who had previously developed diabetes after total pancreatectomy received PEG in preparation for colonoscopy. He had been admitted to the emergency intensive care unit 4 days earlier due to hematochezia presenting with shock. He ingested PEG to prepare for a colonoscopy examination, which was performed to identify the source of his bleeding over a 5-h period, but suddenly exhibited septic shock and markedly elevated procalcitonin levels. A blood culture subsequently revealed Citrobacter braakii. Immediate resuscitation and intensive care with appropriate antibiotics improved his condition.


Clinicians should be aware of the possibility of deteriorating conditions after bowel preparation with PEG among severely ill patients with recent episodes of hemorrhagic shock.


Polyethylene glycol (PEG) is widely used as a bowel preparation for colonoscopy because of its safety [1]. Only two cases of bacteremia after PEG ingestion have been reported, which were supposed to have been caused by bacterial translocation [2, 3]. Although Citrobacter spp. often causes opportunistic infections, Citrobacter braakii bacteremia infections are relatively uncommon [4, 5]. Herein, we describe a case of septic shock due to C. braakii bacteremia that occurred immediately after colonoscopy preparation with PEG in an adult patient who had recently suffered an episode of hemorrhagic shock.

Case presentation

A 75-year-old Japanese male was transferred from another hospital after presenting with hemorrhagic shock due to hematochezia. He had been transported by ambulance to the previous hospital after complaining of discomfort and bloody stool on the previous day. He had undergone distal pancreatectomy and right lower lobectomy for pancreatic cancer and lung cancer, respectively, 5 years prior and total pancreatectomy due to residual pancreatic cancer eight months prior. The reconstruction procedure consisted of hepaticojejunostomy, Braun’s anastomosis, and gastrojejunostomy. In addition, a stent had been inserted for stenosis of the hepaticojejunostomy 1 month prior. The patient’s medical history also included atrial fibrillation, and he was taking insulin and apixaban. On arrival, he appeared to be pale and his extremities were cold. His vital signs were as follows: respiratory rate, 20 breaths/min; pulse rate, 105 beats/min (bpm); blood pressure, 77/54 mmHg; temperature, 34.9 °C. Arterial blood gas analysis detected severe lactic acidosis (lactate concentration: 9.9 mmol/L) and anemia (hemoglobin level: 3.1 g/dL). The laboratory data showed a white blood cell count of 5850/μL, C-reactive protein level of 0.08 mg/dL, procalcitonin level of 0.097 ng/mL, and serum glucose level of 389 mg/dL. Contrast-enhanced computed tomography of the abdomen did not detect any active bleeding. His melena had already ceased. Fluid resuscitation and massive transfusions resolved his hemorrhagic shock. Crystalloids were administered 800 mL over an hour. Blood products were initiated 30 min after the patient’s arrival. The patient required 16 units of red blood cell concentrate, 14 units of fresh frozen plasma and 20 units of platelets within 12 h of his arrival for hemostatic resuscitation. A classification of hemorrhage of the patient was considered as class IV based on the American College of Surgeons. Urgent upper gastrointestinal endoscopy was a poor study because of food residue and failed to identify the source of the patient’s bleeding. Thus, he was admitted to the emergency intensive care unit for careful observation. The patient’s acute physiology and chronic health evaluation (APACHE II) score on the day of admission was 24, and the Charlson comorbidity index was three.

Since fresh bleeding was detected in the terminal ileum during capsule endoscopy the next day, colonoscopy was performed without bowel cleaning. But the exam produced poor findings due to blood clot. Therefore, transanal double balloon enteroscopy was scheduled for further investigation 4 days after the patient’s admission. The patient took 5 h to ingest 2 L of PEG plus an additional liter of PEG for bowel preparation. This was the first time he had consumed PEG. 1 h after consuming the 3 L of PEG, he complained of a feverish chill and his heart rate and temperature increased to over 130 bpm and 39 °C, respectively. The transanal double balloon enteroscopy exam was performed uneventfully and did not reveal the source of the patient’s bleeding.

After the examination, he appeared to be agitated and distressed and exhibited hypotension, high fever, and an elevated lactate level, which indicated septic shock. He did not have any other complaints. His abdomen was soft, flat, and non-tender. Empirical antibiotic therapy with meropenem was administered, and two sets of blood cultures were obtained at the same time. Fluid resuscitation and a noradrenaline infusion were initiated due to septic shock, followed by intubation and mechanical ventilation. Table 1 shows the patient’s laboratory data at the time that he suffered septic shock. Repeated lab tests revealed a significantly elevated procalcitonin level. Liver function tests produced normal results during the course, so we excluded biliary stent infection. Figure 1 shows the patient’s clinical course during the first 15 h after he ingested PEG, the hypotensive phase of his condition, and the resuscitation period. Ongoing intensive care led to a gradual improvement in the patient’s condition and he was successfully extubated on day 4 (the day when the PEG preparation was administered was defined as day 0, at which APACHE II score was 34). An examination of his blood cultures detected C. braakii and we replaced the meropenem with ceftazidime based on the results of sensitivity tests. Later, the identity of the pathogen was confirmed by biochemical analysis and partial sequencing of 16S rRNA. Urinalysis produced normal results. Cultures of the patient’s urine and sputum at the onset of septic shock were negative. The tip cultures of central venous catheter which had been placed in a femoral vein on admission were found to be negative. Stool culture was obtained 1 week after presenting septic shock, which was also negative. Antibiotics were administered for a total of 10 days. The patient was discharged from the emergency intensive care unit on day 8. Figure 2 shows the patient’s clinical course over the 8 days after he first suffered septic shock.

Цитробактер — палочковидные бактерии, относящиеся к грамотрицательным факультативным анаэробам, которые передвигаются посредство жгутиков. Свое название цитробактер получили, благодаря способности расщепления цитратов — солей лимонной кислоты, которые они используют как источник углерода. Цитробактер обитают в кишечнике, относятся к условно-патогенной микрофлоре, однако при увеличении их численности возникает цитробактериоз.

Общие сведения о возбудителе патологии

Цитробактер (от греч. «лимон», «мелкие палочки») — условно-патогенные бактерии семейства энтеробактерий из рода цитробактер, которые в нормальном количественном соотношении обеспечивают нормальную кишечную функцию. При росте бактериальных колоний под воздействием множественных факторов возникает нарушение биоценоза кишечника, развивается цитробактериоз. Заболевание охватывает желчный пузырь и его протоки, центральную нервную систему, мочевыводящие пути.

Цитробактер обладают выраженной каталазной активностью, преобразуют глюкозу до газа и кислот, превращает нитраты в нитриты, при численном росте колоний возникает неприятный запах.

Распространенность цитробактера повсеместна: окружающая среда, почва, вода. Патогенность для человеческого организма представляют лишь несколько видов цитробактера.

Виды и патогенность цитробактера

На сегодняшний день известно 11 видов бактерий из рода Цитробактер, но только некоторые из них способны нарушать здоровье человека, приводить к осложнениям:

  • Citrobacter freundii (цитробактер фреунди, встречается чаще всего) — поражает, преимущественно, органы мочевыделительной и половой системы, респираторный тракт, желчные протоки;
  • Citrobacter koseri и amalonaticus — бактерии вызывают желчный пузырь, уретру у мужчин и женщин, тяжелый отит, острый энтерит;
  • Citrobacter diversus — вызывают гнойно-инфекционное поражение головного мозга и мозговых оболочек.

Цитробактер растет и размножается вне зависимости от доступа кислорода, не образует капсул и спор, что снижает устойчивость к негативным внутренним и внешним факторам. Специфическим проявлением цитробактериоза является появление зловонного запаха кишечных газов, каловых масс.

Патогенность цитробактера определяется белковая поверхность, которая обеспечивает его прикрепление к тканям кишечника, способность выделять энтеротоксины и колицин, наличием ворсинок на тельцах бактерий, высокой устойчивостью к антибактериальной терапии. Заражение происходит фекально-оральным или алиментарным путем. Дети заражаются, преимущественно, контактно-бытовым путем, через немытые руки, контакт с игрушками и предметами обихода.

Клинические проявления

Симптомы цитробактерной инфекции многолики, зависят от локализации патогенной активности микроорганизмов, чувствительностью человеческого организма к продуктам жизнедеятельности патогенов. Цитробактериоз чаще протекает в виде кишечной инфекции, преимущественно, с воспалением оболочек желудка, тонкой кишки, напоминает острое пищевое отравление. Инкубационный период короткий, всего несколько часов. Типичными признаками цитробактериоза являются:

  • ломота в теле, озноб, лихорадочный синдром;
  • боли в эпигастрии;
  • диарея, примеси кала включают слизь, кровь, гнойный экссудат;
  • аллергические проявления в виде сыпи на коже, раздражения слизистых;
  • зуд и жжение в анусе;
  • вздутие живота и метеоризм с отхождением зловонных газов;
  • снижение массы тела, постоянная жажда, бессонница.

Диарея — симптом цитробактера

Цитробактериоз нередко осложняется обезвоживанием, токсическим шоком, развитием почечной недостаточности (иногда гемолитико-уремическим синдромом у детей при кишечной инфекции с преобладанием цитробактерных микроорганизмов). При поражении мочевыводящих путей отмечаются болезненные мочеиспускания, нарушение выработки и выделения мочи, при поражении мозга — признаки менингеального синдрома, сердца — симптомы аритмии, одышка.

Течение цитробактериоза всегда тяжелое, патологический процесс сопровождается лихорадкой, сильным ознобом, рвотой, слабостью. Ребенок проявляет капризность, постоянно плачет, сложно засыпает. При ощупывании брюшины наблюдается сильная болезненность, каловые массы с примесью крови. Нарушение кишечной функции на фоне цитробактера у детей требует госпитализации ребенка, так как очень быстро нарастает обезвоживание, генерализованную крапивницу, сепсис.


Диагностические мероприятия на заражение бактериями цитробактер включают комплекс лабораторных исследований, инструментальных методов, обязательно изучается анамнез, жалобы больного, указания особенных симптомов. Особую значимость в диагностике имеют:

  • Анализ кала. При исследовании фекалий отмечается повышение концентрации цитробактера до 10 в 5-6 степени. Иногда увеличений колоний патогенной микрофлоры является признаком колоректального рака, иммунодефицитов, истончение кишечных стенок. При увеличении концентрации Citrobacter freundii у детей может указывать на острый энтерит, тяжелое пищевое отравление или кишечную инфекцию.
  • Анализ мочи. Количественное определение цитробактер в моче указывает на преимущественное поражение органов мочевыделительной системы, поэтому очень важно организовать правильный забор урины. Точность исследования зависит от времени доставки образца в лабораторию.
  • Влагалищный мазок у женщин и девочек. Обнаружение цитробактер в анализе мазка возможно только при нарушении техники забора пробы, при попадании условно-патогенной микрофлоры в вагинальные пути из ануса.
  • Мазок из носа и полости рта. Забор материала проводят с утра без предварительной санации. Манипуляция осуществляется стерильными ватными палочками. При обнаружении цитробактера говорят об осложнении со стороны органов дыхания, респираторных путей.

Анализ кала — метод диагностики цитробактера

В качестве дифференциальной диагностики назначается фиброгастродуоденоскопия, колоноскопия — эндоскопические методы исследования, которые позволяют с наибольшей точностью определить характер поражения оболочек органов ЖКТ, выявить опухоли, полипы, очаги кровотечений, провести биопсию измененных тканей.

Назначается узи органов брюшной полости и малого таза для оценки анатомии, состояния тканей, оболочек. Дополнительная диагностика показана при наличии симптомов, указывающих на осложненное течение, присоединение осложнений со стороны других органов и систем.

Методы терапии у детей и взрослых

Терапия цитробактериоза ограничивается консервативной. Для лечения цитробактера у детей и взрослых назначается следующая медикаментозная терапия:

  • антибиотики широкого спектра действия или цефалоспорины, к которым цитробактер проявляют высокую чувствительность (Амикацин, Цефтриаксон, Левофлоксацин и другие);
  • пробиотики и пребиотики (Аципол, Хилак Форте, Бифиформ, Линекс);
  • энтеросорбенты (Полисорб, Энтеросгель, активированный уголь, Флорафильтр);
  • регидратационная терапия для купирования обезвоживания (Регидрон, Нормогидрон);
  • спазмолитики для купирования спастических абдоминальных болей (Дюспаталин, Но-шпа);
  • обезболивающие и жаропонижающие на основе ибупрофена, парацетамола;
  • ферменты для улучшения пищеварительных процессов (Мезим, Креон, Панзинорм);
  • противорвотные средства (Церукал).

Амикацин — средство для лечения цитробактера

Обязательно назначение иммуномодуляторов и витаминов. Лечение взрослых ограничено амбулаторным наблюдением, детей раннего возраста с активной и тяжелой симптоматикой госпитализируют. Целью терапии является предупреждение жизнеугрожающих осложнений, таких как обезвоживание (особенно у детей раннего возраста), сепсиса, генерализации инфекционно-воспалительного процесса. В особо тяжелых случаях показан гемодиализ, лазерное или ультрафиолетовое излучение, плазмоферез.


Из рациона при цитробактерной инфекции исключаются агрессивные блюда (жирное, жареное, острое, пряное, консервация, копчености, пресервы), свежая сдоба, сладости, клетчатка. Меню должны составлять простые, легкоусваиваемые блюда, кисломолочная продукция, перетертые супы, слизистые каши. Обязательной составляющей диетотерапии является обильный питьевой режим.

При рвоте и поносе нарастает обезвоживание, поэтому очень важно восполнять организм влагой для предупреждения острых водно-солевых нарушений. При своевременном лечении наступает быстрое выздоровление.


Прогноз при цитробактериозе, преимущественно, благоприятный, особенно при адекватной своевременной терапии. Оппортунистическая инфекция, спровоцированная цитробактером у лиц с иммунодефицитами, может привести к гибели. Длительное лечение цитробактерной инфекции может привести к следующим заболеваниям:

  • остеомиелит — воспаление костной ткани;
  • менингеальный синдром с вовлечением в патологический процесс мозговых оболочек;
  • пневмония;
  • токсическое поражение печени;
  • отиты;
  • воспаление мочеполовой и мочевыделительной системы.

Меры профилактики

Для предупреждения инфекции следует соблюдать ряд следующих рекомендаций:

  • соблюдение гигиены рук, перианальной области после дефекации;
  • контроль качества воды, пищи, адекватное введение прикорма грудничкам;
  • антисептическая обработка игрушек, приспособлений для сцеживания молока и кормления;
  • соблюдение правил асептики и антисептики помещений в стационарах (снижает риск внутрибольничной инфекции);
  • поддержание чистоты в жилом помещении.

Важно поддерживать здоровый психоэмоциональный фон, избегать стрессов, проводить адекватную терапию инфекционно-воспалительных заболеваний иной природы, принимать поливитамины, соблюдать охранительный режим, избегать вредных привычек.

Цитробактерная инфекция — серьезное заболевание, часто становится находкой при комплексной диагностике пациента. Цитробактер редко несет реальную угрозу здоровья и жизни больного, однако осложнения и опасности нельзя недооценивать.

Читайте также:  Эссенциале внутривенно при беременности для чего назначают
Ссылка на основную публикацию
Цисты lamblia intestinalis что это
Приглашаем в Telegram-канал @Gastroenterology Если лечение не помогает Популярно о болезнях ЖКТ Кислотность желудка Кишечные лямблии (лат. Giardia intestinalis, синонимы:...
Цефазолин ребенку 4 года дозировка
Действующее вещество: Содержание Состав Фармакологическое действие Способ применения и дозы Форма выпуска Производитель Условия отпуска из аптек Условия хранения препарата...
Цефекон свечи инструкция по применению цена
Инструкция по применению Описание: Состав: Показания к применению: Фармакокинетика: Всасывание и распределение Быстро и в высокой степени абсорбируется из ЖКТ....
Цитизин цититон
Латинское название: Cytisinum Описание актуально на: 14.10.17 Цитизин - препарат для коррекции разнообразных нарушений при алкогольной и наркотической зависимости. Действующее...
Adblock detector